Energie obsažená v bioplynu může být využívána několika způsoby. Ovšem před vlastním využitím bioplynu je nutné přistoupit k jeho úpravám/čištění. Míra a volba technologie čištění bioplynu je závislá na jeho plánovaném konečném využití. Bioplyn je možné např. využívat jako prostý zdroj tepla. Jinými slovy řečeno, bioplyn je spalován v kotli a teplo uvolněné při jeho oxidaci (hoření) může být využito k ohřevu vlastního anaerobního reaktoru, k ohřevu teplé užitkové vody, k vytápění budov apod. Druhou, v provozní praxi velmi rozšířenou, možností využití bioplynu je tzv. kogenerace.
Proces kogenerace umožňuje z bioplynu zisk elektrické, ale také tepelné energie. Po větších úpravách bioplynu je možné jej využít pro palivový článek, a tedy pro zisk elektrické a tepelné energie. Poslední významnou možností využití bioplynu je jeho úprava na biomethan, následné stlačení do tlakových nádob a poté jeho využití jako paliva např. pro osobní automobily.
